漁光分校位於漁光島,漁光島昔為三鯤鯓,數百年前便與紅毛城(今安平古堡)、一鯤鯓(今安平市鎮)、二鯤鯓(今億載金城)沙丘相連。漁光島是典型漁村聚落,四面環海,為府城七鯤鯓中僅存的鯤鯓島。
漁光分校最初在 1975 年(民國六十四年),由臺南市南區龍岡國小分組成立的「漁光班」開始,以解決小學生必須長途跋涉到龍岡國小念書的情況: 1977 年(民國六十六年)正式成立漁光分校,校地面積廣大,甚至比臺南市區校地最大的協進國小還大出一公頃,但學童卻相差數位(民國七十三年學度,協進國小學生有六千九百名,但漁光分校只有七十一名學童): 1979 年(民國六十八年)配合安平新港的開發,交通路線改變,漁光分校劃隸石門國小,也因為市府在漁光里實施禁建,人口外流日趨嚴重,學生人數也相對兌減: 1980 年(民國六十九年)因市府整合瑞復益智中心特殊教育資源成立了特教班,將漁光分校一同劃隸西門國小,直到 2008 年(民國九十七年)漁光大橋通車後,又重新劃隸於億載國小。
緊鄰漁光分校旁有一個由安平古堡網球協會管理的紅土網球場,在周義雄校長的鼓勵下,漁光分校的學生每天放學後,都會在老師與古堡網球協會的教練洪高山等球友的義務指導下,在球場上揮舞球拍,大家也從有興趣到天天自動自發、風雨無阻在球場上練習,磨練球技,漁光分校小朋友們從三、四年級開始學習把握球拍,從生疏到熟練、怯懦到鎮定,打球成了比打電動或看電視更有趣的活動,而球隊的團體合作與紀律更對學生的健康與人格發展有極大的助益。
漁光分校網球隊在 2005 年(民國九十四年),以全臺南唯一參賽國小男童組之姿,參加第 30 屆全國中正盃軟式網球錦標賽,獲得全國亞軍,凱旋回歸,並獲得許添財市長接見鼓勵。 2006 年(民國九十五年)漁光分校網球隊為臺南市奪下全國中華盃軟網賽國小男子甲組第三名:同年市長盃中更勇奪小男組團體冠軍、小女組團體梨軍,更包辦了小男組個人賽的前三名,全體師生與有榮焉。
因校園腹地廣大,漁光分校 2003 年(民國九十二年)也開始與臺南市體育會馬術委員會漁光訓練場合作,將馬術融入學校體育課程,讓小朋友從認識了解、親手餵食與洗刷,進而騎乘駕馭馬匹,「馬術」成了全國獨一無二的學校特色課程。近年漁光分校在億載國小吳文賢校長與漁光分校劉協成主任的推動下,培養一批「馬術小小解說員」,除了更深入了解馬的生態外,同時建立學生的自性與口條修養。
漁光分校是所迷你小學,和瑞復益智中心比鄰而居,有豐富的海洋資源。近年來漁光島區人口嚴重外流,漁光分校也面臨人數遞減的窘境,但漁光分校的小學生感情相當緊密,在少子化趨勢下,漁光分校也逐漸轉型成為精緻化的森林小學,目前是臺南市海洋教育資源中心及特色遊學學校之一。
漁光分校自成立以來,歷任主任為:周奕民、林正宗、李宗賢、郭鵬輝、胡玉美、毛勇清、曹源淙、張明長、呂岳霖、林清池、陳武彥、林裕祥、林義順、黃乃賢、林世昌、李貞慧、劉協成、張隆慶、徐世豪、趙心暐、張琇雯、黃明貴、蘇恩瑤、張瑾玥、侯碧芬、丁碧華。