九年國教創始，佳里國中學子遽增。顯得難以容納，且因佳興、子龍學區偏遠．途中交通繁雜，時有車禍發生之虞，?圖學生就學安全方便，地方熱心教育人士，遂有籌設佳興分部之議。
民國 61 年 12 月 18 日「佳興國中籌建委員會」正式成立，建校工作益趨計日逞功。經鎮民代表會主席蔡順治先生、楊嘉興鎮長，國小校長黃來福先生、許料允老師及里長代表等奔走籌劃，始於 62 年 10 月 11 日奉准設立佳里國中佳興分部。 63 年 8 月招收一年級五班，借佳興國小上課派王振?先生為分部主任，推舉林宗慶先生為首任家長會長。
民國 64 年元月，經多方洽商，排除萬難，始覓得校地二公頃餘，需經費新台幣一百二十萬元，除由鎮公所補助五十萬元外，其餘悉數均賴里長代表諸公向學區內家長募捐。
校舍於 64 年 5 月開工。因適逢雨季，直至 65 年元月竣工，於同年元月 28 日遷入新校舍上課，第二任家長會長許內先生熱心教育，極力洽請鎮農會捐資新台幣五十萬元暨地方熱心教育人士捐資興學，充實設備，規模粗具，於 68 年 8 月奉准獨立。校名為〔台南縣立佳興國民中學〕，許顯男先生奉派為首任校長。歷經十一年又六個月之擘畫經營，先後完成諸多重要建設，已然奠立本校良好之基礎，功不可沒。抑有進者，任內對環境之美化，學生品德之陶冶與校譽之提昇，亦頗多貢獻。
七十八年二月許校長已任期將屆而榮調本縣善化國中，省令李全勝先生接掌本校，到任以來，揭櫫辦學方針與理念，蒙獲歷屆家長會會長暨各委員會和地方人士之配合協助，積極改善教學設備及環境設施，此外對學生素質之提昇與地方家長人士溝通聯繫更是不餘遺力。
八十二年二月李校長榮調台南市南寧國中，省府派楊調勇先生接任本校第三任校長，楊校長自覺責任重大，本佳興國中傳統之精神，領導師生實踐教育目標，共為樹人育才之大業而努力。
八十六年八月楊校長榮退，省府核派林錦德校長接任本校第四任校長，林校長到任後即秉持「崇法務實，和諧進步」的基本信念，繼續發揚學校優良傳統精神克勤克儉，競競業業創造良好的教學環境，其實現教育的目標開創青年學生光明坦途。
九十七年八月林校長榮退，縣府遴派敬世龍校長接任本校第五任校長，敬校長到任後，以落實快樂、充實、健康、感恩」之學校願景為職志； 99 年 12 月，台南縣市合併後校名更新〔台南市立佳興國民中學〕，庚續貫徹友善校園、全人教育之理念，發展閱讀深化、科學紮根、藝文融合、資訊創新之學校特色，期能引領學生開展多元潛能，共創親師生共榮佳興新未來。
101 年八月敬校長榮調歸仁國中，市府遴派江俊賢校長接任本校第六任校長，江校長到任後，以人文關懷、全人教育為精神的教育理念並考慮以學生為主體，考量學習者的需要；採取三適（適性、適量、適時）的教育方式，提供一個讓學生快樂學習、充分發揮潛能的環境，期能更精緻、細膩地照顧到每位學生。
109 年八月江校長榮調竹橋國中，市府遴派潘能耀校長接任本校第七任校長，潘校長到任後，強調孩子是「教育的中心」，學生是「學習的主體」。以「愛」為教育核心，透過「關懷、行動、服務、適性」方針達到「專業教學、優質學習、親師合作、創意多元」的經營目標。
