「中洲」，行政區域隸屬學甲鎮，昔為學甲十三庄之本校成立於民國十年四月一日，初為學甲公校學校分離教室，是年四月一日升為學甲公學校分教場；民國四十五年四月一日獨立為中洲公學校，首任校長為日本人--未永勇。期間，日人治校，推行皇民化教育，漢文化一時受挫，臺灣學子也受到不平等待遇，受教權大大不如日本學生。
民國二十九年四月一日，本校又改稱為中洲國民學校，此後校名未再異動。直至二次大戰後，日人投降，台灣光復，學校亦在民國三十四年八月十五日改行祖國教育，並於民國三十五年一月十七日再度改稱為台南縣學甲鄉第二國民學校；民國三十六年二月十二日又更名為台南縣學甲鄉中洲國民學校。此間，蒙省、縣上級教育單位肯定及重視，辦理各項示範活動，頗受好評。
民國五十七年二月二日，隨著學甲鄉升格為鎮，校名又改稱為學甲鎮中洲國民學校，五十七年八月一日，政府推行九年國民義務教育，各國民學校皆改稱國民小學，本校也因而變動，其全銜正名為台南縣學甲鎮中洲國民小學，民國 99 年 12 月 25 日台南縣市合併，升格為直轄市，更名為臺南市學甲區中洲國民小學。
